2012年学校加入教育部“卓越工程师教育培养计划”，先后在土木工程、交通运输、港口航道与海岸工程、机械设计制造及其自动化、水利水电工程、轮机工程和航海技术等7个专业，设立“卓越工程师班”，校企深度合作，实现“学校教育向校企培养、科学范式向工程范式、专才教育向通专结合、知识传授向能力培养、教师中心向学生中心”五个转变。

按照“面向工程界、面向未来、面向世界”工程教育视野和“全面工程教育”工程教育理念。以卓越素质为目标，以未来需求为导向，拓展课程视野、整合专业课程，强化实践创新，以实际工程为背景，以工程能力技术为主线，采取双导师制度（企业1名+校内1名），实施“以学为主”专业教学模式改革和“全过程、递进式”的企业工程实践训练，设置累计1年的企业综合实践环节，构建“课程学习、实践训练、创新竞赛、工程锻炼”四位一体的卓越工程人才培养体系。